Laboratorium merupakan salah satu penunjang yang sangat penting yang digunakan untuk memberikan informasi dan pengalaman bagi mahasiswa. Jurusan Teknik Kelautan (Oseanografi) memiliki beberapa laboratorium penunjang, seperti Laboratorium Inderaja-GIS, Laboratorium Hidro-Oseanografi, dan Laboratorium Kimia Laut.